22 июня 1941 г. началась война, но переводные и государственные экзамены в мединституте все же состоялись. Почти все выпускники – 240 врачей – были призваны в Армию. Одновременно с ними на фронт добровольцами ушли директор института М. И.  Сальков и многие преподаватели.
Директором мединститута стал профессор С. Р.  Татевосов, руководивший вузом все трудные годы войны.
В середине сентября 1941 г., когда фашисты приблизились к Крыму, институт стал готовиться к эвакуации. 26 сентября почти все преподаватели и более 500 студентов старших курсов уже расселялись в г. Армавире Краснодарского края, а через три дня приступили к занятиям. Однако враг подступил к Армавиру, и вновь пришлось эвакуироваться. Скитания длились почти год: Джамбул, вновь Армавир, Орджоникидзе, Баку, Красноводск, Кзыл-Орда. Здесь, в маленьком казахском городе, состоялось два выпуска врачей. Всего же с июня 1941 по июль 1944 институт подготовил 850 врачей.
В годы войны сотни студентов и выпускников вуза, свыше 40 преподавателей участвовали в боевых действиях в действующей армии и на флоте, в партизанском движении. Не всем довелось вернуться с полей сражения: среди выпускников и сотрудников КГМИ погибло свыше 120 человек.
В память их ратного подвига и к 30-летию освобождения Симферополя от фашистских захватчиков на территории института в 1974 году установлен памятник – величественная фигура военного хирурга.

Весной 1944 г. Крым был освобожден, и, закончив в Кзыл-Орде учебный год, институт вернулся в Симферополь. За годы оккупации основной учебный корпус, клуб, спортзал, общежитие были полностью разрушены. Нужно было все поднимать из руин, возрождать к жизни родной институт. Ценой неимоверных усилий коллектива вуза в короткие сроки было сделано все, чтобы учебный год начался вовремя.
В 1946 г. директором мединститута назначается В. И.  Ларин. В восстановлении материальной базы вуза, организации учебной и научной работы в послевоенные годы ему принадлежит немалая заслуга.
Крымский медицинский институт с честью преодолел все трудности военного и послевоенного времени.