Впервые курс патологической физиологии (общей патологии) был организован на медицинском факультете Таврического университета профессором Александром Васильевичем Репревым в октябре 1918 года. Кроме того, Александр Васильевич был избран деканом медицинского факультета.
В октябре 1925 года Крымский университет был преобразован в педагогический институт, а студенты медицинского факультета переведены в другие вузы страны.
В июле 1930 года в г. Симферополе был создан медицинский институт. По данным, сохранившихся архивных документов, кафедра патологической физиологии организована в 1935 году. Первым руководителем кафедры был ученик академика А. А. Богомольца - Николай Васильевич Колпиков, который приказом по наркомздраву РСФСР был утвержден профессором кафедры патологической физиологии с присвоением ему, по совокупности работ, ученой степени кандидата медицинских наук. Н. В. Колпиков создает кафедру, налаживает учебный процесс, проводит научные исследования патогенеза иммунитета, инфекционных забелеваний и состояния системы соединительной ткани при различных воздействиях на организм. Первыми ассистентами на кафедре были В. Ф. Турбаба, Ф.Фазлуллина, М. В. Васильева, П. В. Печерников. Настойчивость, упорство в достижении намеченной цели, исключительная трудоспособность, бодрость и оптимизм Н. В. Колпикова увлекали сотрудников на преодоление трудностей, связанных с организацией учебного процесса и научных исследований.
С 1937 года на кафедре началось всестороннее изучение влияния сакских грязей на течение инфекционного процесса и состояние иммунобиологической реактивности организма Разработка этих вопросов способствовала улучшению эффективности лечебных мероприятий на бальнеологических курортах Крыма Сотрудниками кафедры были разработаны методики получения водно-грязевых вытяжек, как биогенных стимуляторов. Полученные на кафедре водно-грязевые вытяжки использовались для лечения бронхиальной астмы и ревматизма.
Консультативную помощь в разработке научной тематики на кафедре в довоенный период оказывали академик А. А. Богомолец (физиологическая система соединительной ткани), профессор Л. С. Штерн (плацентарный и гемато-энцефалический барьеры), профессор Г. П. Сахаров (иммунология).
Н. В. Колпиков принимал участие в работе съездов и конференций, посвященных вопросам изучения курортных факторов, иммунитету, патофизиологии инфекционного процесса, был делегатом 1-й Всесоюзной конференции патофизиологов в г.Казани в 1950 году.
За период с 1935 по 1951 годы сотрудниками кафедры защищены одна докторская и 4 кандидатских диссертации: профессор Н. В. Колпиков, докторская диссертация «Материалы к изучению инфекции у плода», 1942г.; кандидатские диссертации: ассистент П. В. Печерников «К вопросу о лечении некоторых дерматозов трансфузией одноименной крови», 1941г.; ассистент M. B. Васильева «Иммунобиологическая реактивность при шизофрении», 1943г.; ассистент М. И. Кипишенева «К вопросу о влиянии гормонов на всасывание из пищеварительного аппарата», 1947г.; ассистент Н. Г. Павловский «Материалы к изучению лечебных грязей на организм», 1948г.; ассистент Н. Г. Павловский был первым аспирантом на кафедре патологической физиологии у профессора Н. В. Колпикова. В последние годы работы на кафедре патологической физиологии Крымского медицинского института профессор Н. В. Колпиков проявлял интерес к изучению некоторых механизмов в развитии патологии. Так, работавший в патофизиологическом научном кружке студент Ю.Н Колесников в 1949-1951 г. г. выполнил две экспериментальные работы по этой тематике: «Влияние длительного медикаментозного (мединалового) сна на течение воспаления у кроликов» и «Влияние перфузии иммунной сыворотки через изолированный каротидный синус сенсибилизированных кроликов на развитие анафилаксии».
По отчету 1950 года, под руководством профессора Н. В. Колпикова выполнялось 17 научно-исследовательских работ врачами санаториев Крыма.Главным достижением в работе кафедры за послевоенный период (1944-1951 годы) следует считать работы по изучению Феодосийской лечебной грязи. Эти работы способствовали широкому применению грязелечения в санаторно-лечебной практике феодосийского курорта. По рекомендации кафедры широко применялось лечение гипертонической болезни, бронхиальной астмы, радикулита и ревматизма с помощью гальваноэлектрофореза с использованием грязевых экстрактов.
С момента организации кафедры до 1951 года сотрудниками кафедры было выполнено и опубликовано около 60 научных работ.
С 1951 по 1974 год заведовал кафедрой доцент Сергей Иванович Георгиевский, который в течение 20 лет был ректором медицинского института Ученик профессора Г. П. Сахарова Сергей Иванович автор 24-х научных работ, среди которых работы по внутрисекреторной функции органов и тканей.
В преподавание курса патологической физиологии Сергеем Ивановичем были привнесены лучшие традиции школ советских патофизиологов. В учебном процессе стали широко использоваться эксперименты на животных. Исследования стали проводиться по физиологии и патологии пищеварения. К 1954 году ассистентом С. М. Доценко была закончена работа по изучению функции желудочно-кишечного тракта при патологических воздействиях на центральную нервную систему. Эти данные были представлены в виде кандидатской диссертации «Кишечная секреция при патологических состояниях головного мозга», защищенной в 1958 году.
Ассистентом Ю. Н. Колесниковым проводились исследования изменения концентрации ферментов кишечного сока, крови и мочи при нарушении функции поджелудочной железы. Полученный большой экспериментальный материал в виде кандидатской диссертации «Амилолитическая активность крови, кишечного сока и мочи при экспериментальных нарушениях функции поджелудочной железы, кишечника и почек» был защищен в 1960 году.
В 1959 году на кафедру было принято два новых ассистента И. Ф. Спицын и В. А. Проценко, которые под руководством доцента С. И. Георгиевского расширили круг исследований ферментативной активности организма при патологии поджелудочной железы Полученные данные были защищены в виде кандидатских диссертаций В. А. Проценко «Влияние поджелудочной железы и некоторых органов на липолитическую активность крови, мочи и кишечного сока» в 1963 году и И. Ф. Спицына «Изменения протеолитической активности крови, кишечного сока и мочи при различных воздействиях на поджелудочную железу собак в 1965 году.
В дальнейшем ассистентом В. А. Проценко проводилось изучение вопросов этиологии, патогенеза и экспериментальной терапии панкреатитов. Научный материал был обобщен в виде его докторской диссертации «Материалы к учению об этиологии, патогенезе и экспериментальной терапии панкреатитов», которая была защищена в 1972 году. В этот период широко практиковались на кафедре комплексные исследования по вопросам изучения изменений белкового состава и ферментативной активности крови при эндокринопатиях и патологии поджелудочной железы, ферментной диагностике различных видов панкреатитов, почечных и эндокринных заболеваний, роли нарушений гормонального гомеостаза организма в развитии ферментопатий. Ю. Н. Колесников изучал амилолитическую, липолитичес-кую и эстеразную активность крови и кишечного сока собак, а также различных органов крыс при экспериментальных воздействиях на систему «гипофиз - кора надпочечников». За период с1951 по 1974 годы были выполнены и защищены докторская и 11 кандидатских диссертаций, опубликовано в печати 106 научных работ, зарегистрировано 22 рационализаторских предложения. Сотрудники приняли участие в работе 2-х всесоюзных съездов и 3-х республиканских конференций.
С 1974 по 1997 год кафедрой руководил профессор Виктор Александрович Проценко. На кафедре сложился хороший педагогический коллектив. Была пересмотрена методика преподавания патологической физиологии с клинической направленностью изложения материала. Преподавание стало проводиться под девизом «Патологическая физиология -основа клинического мышления». Творческое участие в совершенствовании учебного процесса приняли профессор В. И Окулов, доценты Н. Г. Павловский, С. М. Доценко, старшие преподаватели Ю. Н. Колесников и И. Ф. Спицын. На кафедру пришли новые преподаватели С. И. Шпак, В. Ф. Веселов, В. В. Опрышко, В. З. Харченко, П. Ф. Семенец. Большая работа по совершенствованию учебного процесса быта направлена на создание, в соответствии с программой, оригинального курса патологической физиологии. Созданы наборы таблиц, ситуационных задач, опубликованы «Методические указания для студентов и преподавателей». Изданы лекции по патологической физиологии для студентов медицинских факультетов и курсантов факультета усовершенствования врачей.
Кафедрой совместно с областной медицинской библиотекой организовывались областные научно-информационные конференции для врачей области и города. При этом большую организационную работу проводил доц. С. М. Доценко. Регулярно читались лекции профессором В. А. Проценко и доц. С. М. Доценко слушателям факультета усовершенствования врачей, аспирантам и ординаторам по вопросам иммунитета, воспаления и шока. Ассистент С. И. Шпак в течение ряда лет проводил работу по профориентации школьников через MAH Крыма и школу «Юный медик».
В 1978 году было создано областное научное общество патофизиологов (председатель проф. В. А. Проценко, ученый секретарь - старший преподаватель Ю. Н. Колесников). В работе общества приняли участие сотрудники кафедр инфекционных болезней, биохимии, физиологии, НИИ им. И. М. Сеченова. Членами общества являлись соискатели, работавшие под руководством проф. В. А. Проценко, из кафедр офтальмологии, педиатрии, хирургии. В разные годы количество членов общества колебалось от 20 до 30 человек.
Основное научное направление работы кафедры было «Патофизиология, иммунохимия, цитохимия, патохимия ферментопатий при экстремальных состояниях». Под руководством В. А. Проценко были решены методические подходы к получению иммунных сывороток к протеолитическим ферментам, антитела к ферментам использовались как узконаправленный инструмент воздействия на функциональные биохимические системы крови. Стали проводиться фундаментальные исследования протекторных свойств ингибиторов ферментов протеолиза в организме при экстремальных состояниях. Были разработаны новые способы предоперационного и послеоперационного лечения больных с включением ингибиторов протеаз при стафилококковой деструкции легких у детей, кишечной непроходимости, струмэктомии, в офтальмологии, в челюстно-лицевой хирургии, в лечении больных с желудочно-кишечной патологией. Комплексирование исследований проводилось с 12 кафедрами института, с НИИ им. И. М. Сеченова (Ялта), НИИЭМ им. Н. Ф. Гамалея (Москва). Профессором В. А. Проценко создана научная школа по разработке теоретических основ протекторного действия ингибиторов ферментов протеолиза при патологии.
При консультативной помощи профессора В. А. Проценко были защищены докторские диссертации доц. В. П. Фесенко (зав. кафедрой общей хирургии), доц. И. В. Богадельниковым (зав кафедрой педиатрии ФУВ), доц. С. И. Шпаком (зав. кафедрой нормальной физиологии), с.н.с. В. В. Карпицким (НИИ им. И. М. Сеченова) и 16 кандидатских диссертаций. При этом, сотрудник кафедры В. З. Харченко в 1990 году защитил докторскую диссертацию на тему «Экспериментальное обоснование патогенетической фармакотерапии турникетного шока антипротеазными препаратами». А. В. Кубышкин в 1994 году защитил докторскую диссертацию на тему «Взаимодействие и регуляция процессов протеолиза и свободно-радикального окисления при воспалительных заболеваниях легких. В. Ф. Веселов в 1988 году защитил кандидатскую диссертацию на тему «Влияние ферментов протеолиза и их ингибиторов на протекание анаэробного и аэробного метаболизма клеток головного мозга и крови белых крыс».
За успехи в подготовке научных и врачебных кадров проф. В. А. Проценко в 1994 году было присвоено звание Заслуженного деятеля науки и техники Украины. За разработку теоретических основ протекторного действия ингибиторов ферментов протеолиза при воспалительно-деструктивных заболеваниях и за их внедрение в медицинскую практику сотрудникам кафедры патологической физиологии В. А. Проценко, В. З. Харченко, С. И. Шпаку, А. В. Кубышкину, руководителям лечебных кафедр И. В. Богадельникову, Ю. П. Свиргуненко и врачу В. П. Ивашкину была присуждена Государственная премия Республики Крым за 1995 год в области науки.
С. М. Доценко присвоено звание заслуженного деятеля образования АРК в 1999г.
Под руководством профессора кафедры В. И. Окулова совместно с кафедрой пропедевтики внутренних болезней подготовлены кандидаты медицинских наук Крутиков С. Н. , Дударь Л. В. Осуществлялось совместное руководство научной работой аспирантки Георгии Аинноту (Кипр).
С 1975 по 1997 год на кафедре опубликовано 6 монографий и 7 методических рекомендаций по использованию ингибиторов ферментов протеолиза в патогенетической профилактике и терапии в клинике экстремальных состояний. В центральных журналах опубликовано 140 статей и в материалах съездов, конференций и сборниках трудов 118 работ. Сотрудники приняли участие в работе 62 съездов, конференций, симпозиумов, из них в 4-х международных.
В 1997 году руководство кафедрой принял профессор Харченко Владимир Захарович. Под его руководством нашли дальнейшее развитие научные исследования. Создана межкафедральная научная экспериментальная лаборатория в которой используется широкий круг методик для изучения ограниченного протеолиза, перекисного окисления липидов, ингибиторного и антиоксцдантного потенциала организма при экстренных патологических состояниях За этот период защищено 9 кандидатских диссертаций, изданы более 200 научных трудов и монографий, получено 10 патентов на изобретения. Профессором кафедры в этот период избран доктор медицинских наук А. В. Кубышкин, доцентами кафедры избраны кандидаты медицинских наук Семенец П. Ф. , Веселов В. Ф. , асситентами - Шрамко Ю. И. , Горохова Н.Ю, приступили к работе в качестве ассистентов Лыков Г. Г. , Анисимова Л. В. , Литвинова СВ., Петросян A. M. , Друзенок Н. Г. , Щербак В. В. Сохранены и получают дальнейшее развитие лучшие традиции кафедры. На кафедре создан компьютерный класс. В лекционный процесс и проведение практических занятий внедрены технические средства обучения, проводится компьютерный контроль знаний студентов, изданы пособия по общему и частному курсам патофизиологии для студентов. Продолжает активно работать студенческий научный кружок. Ежегодно на кафедре проводятся студенческие олимпиады и научные конференции. В течении последних пяти лет по итогам лицензионных экзаменов «КРОК-1» кафедра занимает 1-2 места среди аналогичных кафедр медицинских вузов Украины. Кафедра является опорной по англоязычному обучению на Украине.