Клинические кафедры КГМУ расположены на 47 клинических базах по территории АРК.
Сотрудники клинических кафедр принимают участие в проведении различных акций, реализации программ, проектов - как региональных, так и всеукраинских, - направленных на оказание помощи сельскому населению, снижение показателей материнской и детской смертности, противодействие эпидемии туберкулеза в АР Крым, на борьбу со злокачественными заболеваниями и др. Этому способствуют мероприятия, запланированные совместно с клиническими учреждениями, к ним относятся: организация и проведение научно-практических конференций, республиканских дней специалиста; выезды врачей-кураторов в закрепленные районы АРК, выезды по санавиации; внедрение в работу современных методов диагностики и лечения; чтение лекций студентам, врачам- интернам по актуальным проблемам эпидемиологии, фтизиатрии; просветительская работа среди населения (выступления по телевидению, радио, статьи в периодической печати) и др.
КГМУ совместно с учреждениями практического здравоохранения Крыма участвует в реализации всеукраинских программ, это прежде всего: программа борьбы с сердечно-сосудистыми заболеваниями, занимающими первое место в Украине по причинам смертности; программа развития кардио- и нейрососудистой хирургии в АР Крым. Совместно с кафедрами внутренней медицины № 1 (проф.А.А Хренов) и внутренней медицины № 2 (проф. В. А. Белоглазов) на базе КРУ им. Н. А. Семашко и на базе Республиканского кардиологического диспансера были внедрены новые методы лечения кардио-сосудистой патологии, такие как: тромболитическая терапия при остром инфаркте миокарда, коронаровентрипулография, имплантация современных искусственных водителей ритма, применяемых при сложных его нарушениях и др. На базе КРУ им. Н. А. Семашко в 2006 году был открыт Центр инвазивной кардиологии и ангиологии с блоком интенсивной терапии, при создании которого научно-методическую помощь оказывали сотрудники профильных кафедр университета.
Государственная программа «Онкология» предусматривает качественное улучшение помощи больным с различными формами новообразований. Сотрудники кафедра онкологии (проф. В. М. Соркин ) совместно с онкологами Крыма принимали участие в разработке Республиканской программы борьбы с онкологическими заболеваниями на 2007-2016 годы, утвержденной Верховной Радой АР Крыма в ноябре 2006 года. В 2006 году, благодаря совместной деятельности, была снижена онкозаболеваемость на 6 проц., смертность от онкозаболеваний уменьшилась на 4,8 проц., улучшены показатели качества лечения. В реализации республиканской программы «Сахарный диабет» деятельное участие принимали сотрудники кафедры внутренней медицины № 2, которые совместно с эндокринологами Крыма способствовали более эффективной диагностике ранних форм сахарного диабета с уменьшением количества больных с осложненными формами заболевания. Так, на 0,4 проц. уменьшилось количество ампутаций при сахарном диабете и количество летальных исходов от ампутаций.
Продолжается работа по совершенствованию лечения заболеваний щитовидной железы. Следует отметить, что хирургическое лечение этих заболеваний всегда были приоритетом хирургов-эндокринологов КГМУ, которые заложили теоретические и практические основы по лечению этой сложной патологии. В 2006 году по поводу заболеваний щитовидной железы было прооперировано 335 человек. Благодаря совместной работе эндокринологов, хирургов-эндокринологов КГМУ и практического здравоохранения в 2006 году в Крыму уменьшилась заболеваемость диффузным зобом, узловым зобом, гипотериозом, тиреотоксикозом.
Важнейшей научно-практической проблемой для фтизиатров университета остается эпидемиологическая ситуация по туберкулезу в АР Крым. Снижение заболеваемости по туберкулезу в Крыму в 2006 году всего на 3,8 проц. не позволяет говорить о контролируемой ситуации. Об этом же свидетельствует и значительное количество (51 проц.) вновь выявленных больных с запущенными и распространенными формами туберкулеза. Сотрудники кафедры фтизиатрии и пульмонологии принимали самое активное участие во внедрении в Крыму программы «Адаптированной ДОТС-стратегии», рекомендованной МЗ Украины. В 2006 году отмечается снижение смертности от туберкулеза на 16,5 проц. Сотрудники кафедры фтизиатрии и пульмонологии принимали самое непосредственное участие в разработке региональной программы по противодействию эпидемии туберкулеза в АР Крым на 2007-2011 годы.
Параллельно с программой по противодействию эпидемии туберкулеза в Крыму ученые КГМУ развивают направление по противодействию распространению заболеваемости ВИЧ/СПИДом, которое реализуется национальной программой Украины. Основные задачи, над которыми работают ученые КГМУ - инфекционисты и акушеры-гинекологи, - это обеспечение безопасности донорской крови, мероприятия по профилактике передачи ВИЧ от матери ребенку, качественное и своевременное лечение ВИЧ-инфицированных, больных СПИДом.
В 2004 году Верховная Рада Крыма приняла «Программу развития семейной медицины в АР Крым на период 2004-2010 гг.»; в ее реализации участвует кафедра терапии и семейной медицины (проф. И. Л. Кляритская). В 2006 году КГМУ совместно с МЗ Крыма заняли 6-е место в Украине по становлению новой специальности (в сравнении с последним местом в 2004 году).
Была разработана программа по подготовке врачей «общей практики и семейной медицины». Совместно с учеными КГМУ при МЗ Крыма создан координационный совет по внедрению программы развития семейной медицины в регионе. В настоящее время в Крыму функционирует уже 113 учреждений семейного типа, в которых работают 234 врача общей практики, подготовленные в КГМУ. В 2006 году в КГМУ специальность «общая практика семейная медицина» получили 117 врачей и 28 врачей-интернов. Развитие программы «Семейная медицина в Крыму» является приоритетом и заслугой ученых нашего вуза.
Внедрены новые методы диагностики печени (кафедра терапии и семейной медицины, проф. И. Л. Кляритская, кафедра хирургии ФПО, проф. В. Н. Старосек): определение Нр, функционального состояния печени, поджелудочной железы, кишечника с помощью специального теста. Уникальным является внедрение видеокапсулы для определения состояния слизистой оболочки ЖКТ (кафедра терапии и семейной медицины). Продолжают осваивать и дают научное обоснование новым хирургическим подходам в лечении грыж кафедры хирургических болезней № 1 и хирургических болезней № 2.
Одно из приоритетных направлений в здравоохранении Украины – «материнство и детство». В реализации всеукраинских и региональных программ по этому направлению непосредственное участие принимают сотрудники кафедр педиатрии и акушерства и гинекологии КГМУ.
На основании совместного приказа МЗ Украины и КГМУ «О дальнейшем усовершенствовании акушерско-гинекологической помощи населению городов и районов АРК» руководством КГМУ была активизирована лечебно-диагностическая деятельность на кафедрах педиатрического и акушерско-гинекологического профиля. В 2006 году восстановлена система курирования городов и районов АРК - выполнено 29 выездов в регионы Крыма бригад акушерско-гинекологического профиля и 181 выезд бригад педиатров, состоявших из профессоров и преподавателей КГМУ.