В сентябре 1996 г. институт возглавил профессор А. А.  Бабанин. Предложенная им концепция развития стабилизировала экономическое положение вуза, позволила внедрить в систему обучения и научные разработки современные технологии.
Успешное развитие всех сторон деятельности вуза получило высокую оценку правительства, и 26 января 1998 г. Постановлением Кабинета Министров Украины КГМИ преобразован в университет.
Новый статус вуза повлек дальнейшие преобразования учебной и материальной базы, что способствовало повышению качества образования и эффективности научных исследований.
В конце 90-х гг. растут объемы ремонтно-строительных работ: капитально отремонтированы основные корпуса и помещения кафедр, спорткомплекс, общежития, Дом культуры. В настоящее время введена в строй многопрофильная университетская клиника. Это – гордость университета: далеко не каждый вуз имеет такой учебно-научно-производственный комплекс, оснащенный современнейшим дорогостоящим оборудованием, включая томограф, аппараты УЗИ нового поколения, цифровую рентген-установку и т.д.

Улучшается компьютерное оснащение: свыше 800 компьютеров, 26 компьютерных классов, оснащенные учебными и научными материалами электронные читальные залы.
Учебный процесс приобретает иной характер: лекции сопровождаются яркими презентациями - мультимедийные проекторы вытеснили кодоскопы. Световыми микроскопами обеспечены все студенты на занятиях теоретических кафедр, кроме того, в их распоряжении два электронных микроскопа. Учебные фильмы, муляжи, фантомы, диагностическое оборудование на клинических кафедрах – сделано все, чтобы учебный процесс отвечал требованиям современности.
Это особенно важно именно теперь, когда университет активно включился в преобразование учебного процесса по Болонской системе. Устремление коллектива вуза к новым достижениям в научно-педагогической деятельности продиктовано целями евроинтеграции – данности 21 века.